Toutes compétitions confondues, la réalisation en première mi-temps (14e minute) de l'attaquant gabonais propulse à 30 le nombre de ses buts marqués pour Dortmund cette saison.
Le Borussia conserve sa 3e place au classement et revient provisoirement à trois points de Leipzig. Treize points le séparent en revanche du Bayern qui caracole en tête.
Le Borussia, qui rencontrera Monaco en quarts de finale de la Ligue des champions, a joué sans plusieurs de ses vedettes.
Avec l'ailier Marco Reus blessé et le jeune prodige Ousmane Dembele, 19 ans, suspendu pour un cinquième carton jaune, l'entraîneur de Dortmund, Thomas Tuchel, a dû faire tourner son effectif.
L'international américain Christian Pulisic, 18 ans, et le Japonais Shinji Kagawa se sont vu confier le rôle de milieu-attaquant en soutien d'Aubayemang.
L'action qui devait rapidement mener à l'unique but de la partie, était d'ailleurs à mettre à l'actif du Japonais qui s'emparait du ballon puis servait Marcel Schmelzer auteur de la passe décisive.
Le Borussia a cependant été loin de convaincre, notamment en deuxième mi-temps.
De son coté Ingolstadt, crédité de 14 tirs au but contre 10 à son adversaire, a fait longtemps jeu égal avec Dortmund mais n'a pas bénéficié d'un pénalty. Celui-ci aurait dû normalement être accordé à la 52e minute après un contact entre le goal du Borussia Roman Burki et Dario Lezcanoen.
Ingolstadt stagne toujours à l'avant-dernière place du Championnat et demeure à sept points du premier non relégable. Le club aurait pu rapporter un point en toute fin de match mais la frappe de l'Australien Mathew Leckie a survolé la barre.
Résultats de la 25e journée:
vendredi
Dortmund - Ingolstadt 1 - 0
samedi
(14h30 GMT) Wolfsburg - Darmstadt
Cologne - Hertha Berlin
Augsbourg - Fribourg
Werder Brême - Leipzig
Hoffenheim - Leverkusen
(17h30 GMT) Eintracht Francfort - Hambourg
dimanche
(14h30 GMT) Mayence - Schalke 04
(16h30 GMT) Mönchengladbach - Bayern Munich