Braga, très bien entré dans le match, ouvrait le score sur un but de Rui Fonte (12e), profitant d'une erreur du gardien de Porto, le Brésilien Helton, alors que le portier espagnol Casillas assistait pour une fois au match depuis le banc de touche.
De retour des vestiaires, Josué marquait le deuxième but de Braga (58e), profitant là encore de plusieurs erreurs de défense.
Les Dragons ne lâchaient rien et André Silva ouvrait le compteur (61e) avant d'égaliser sur le fil (90e+1) d'un spectaculaire retourné acrobatique, ouvrant la voie aux prolongations.
A plusieurs reprises, le même André Silva passait tout près de délivrer Porto en mettant un troisième but. Mais Braga s'imposait finalement grâce aux tirs au but de Pedro Santos, Stojiljkovic, Hassan et Marcelo Goiano.
Braga, 4e du Championnat, disputait sa sixième finale de Coupe du Portugal, qu'il remporte pour la deuxième fois exactement 50 ans après sa victoire face au Vitoria de Setubal.
La saison s'achève de la pire des façons pour le FC Porto, qui n'a gagné aucun trophée depuis trois ans, a été éliminé de la Ligue des champions par Chelsea en décembre et a été à la peine en Championnat, où il a terminé troisième derrière ses rivaux lisboètes Benfica et Sporting, et devra passer par les barrages pour accéder à la phase de poules de C1 la saison prochaine.
L'année du grand club du nord, dont la dernière victoire en Coupe du Portugal remonte à 2011, a aussi été marquée par le départ en janvier de son entraîneur espagnol Julen Lopetegui, limogé pour résultats insuffisants et remplacé par le Portugais José Peseiro.