Villa, auteur de 23 buts cette saison, a devancé avec 25,90% des suffrages deux joueurs des New York Red Bulls, l'attaquant anglais Bradley Wright-Phillips (19,32%) et le milieu de terrain américain Sacha Kljestan (17,63%).
Il succède à l'attaquant italien de Toronto Sebastian Giovinco, élu MVP en 2015 et 4e de la consultation 2016 réalisée auprès de joueurs, dirigeants et journalistes spécialisés.
"Je suis très heureux de cette distinction, car quand on a débuté cette aventure avec le New York City FC il y a trois ans, notre objectif était de former une bonne équipe et nous sommes en train d'y parvenir", a déclaré Villa, passé par Valence (2005-10), le FC Barcelone (2010-13) et l'Atletico Madrid (2013-14)
"Mon objectif est de continuer à aider mon équipe à grandir encore", a-t-il ajouté.
Agé de 35 ans, Villa, meilleur buteur de l'histoire de l'équipe d'Espagne avec 59 réalisations, a rejoint New York City en 2014.
Le club, entraîné depuis cette saison par l'ancien international français Patrick Vieira, a terminé 2e de la conférence Est et disputé pour la première fois de sa jeune histoire les play-offs MLS où il a chuté dès le 2e tour.