Par deux fois, New York City a mené grâce à des passes décisives de l'ancien international espagnol David Villa à la 16e minute pour Jack Harrison, puis à la 64e minute pour Miguel Camargo.
Mais New England est revenu au score par Kei Kamara (24) et Xavier Kouassi à quatre minutes de la fin du temps réglementaire.
"On ne peut pas concéder un but en fin de match comme cela (...) Nous avons fait preuve de naïveté en défense, il faut insister sur notre concentration", a regretté Patrick Vieira, l'ancien international français en charge de la franchise new-yorkaise depuis janvier 2016.
New York City n'a engrangé que six points lors de ses cinq derniers matches et a rétrogradé à la 5e place de la conférence Est (21 pts).
City a été débordé par Orlando (3e, 23 pts) et Columbus (4e, 22 pts) qui ont battu respectivement D.C. United (2-0) et le champion en titre Seattle (3-0).
Orlando, à nouveau privé de sa star brésilienne Kaka, touché à un mollet, s'est imposé grâce à un nouveau but de son attaquant canadien Cyle Larin, auteur de son 8e but de la saison.
Dans la conférence Ouest, Houston a écrasé Salt Lake City 5 à 1 avec un nouvelle contribution, la 10e de la saison, d'Erick Torres, deuxième au classement des buteurs.
Houston a repris les commandes du classement avec 23 points.