Un temps évoqué comme sélectionneur, il aura finalement un rôle de superviseur, "assisté du Nigérian Salisu Yusuf, qui sera entraîneur en chef de l'équipe", a annoncé la Fédération dans un communiqué.
Il aura pour mission de qualifier le Nigéria pour le Mondial-2018 en Russie, alors que les "Super-Eagles" ont échoué en mars à se qualifier pour la CAN-2017, leur second échec consécutif.
Le Guen (52 ans) avait mené le Cameroun au Mondial-2010. Il a également entraîné le Stade rennais (1998-2001), l'Olympique lyonnais (champion de France en 2003, 2004 et 2005), les Glasgow Rangers (2006-2007) et le Paris SG (2007-2009).
Il a ensuite été sélectionneur d'Oman à partir de 2011, mais a été licencié en novembre 2015 après des débuts compliqués en qualifications pour le Mondial-2018.