"Je peux simplement dire que ce n'est pas bon pour le football tchèque", a déclaré Martin Malik, l'un des candidats après le vote.
Lors d'une réunion retransmise en direct sur le site internet de la FACR, les délégués ont refusé de faire un choix entre les trois prétendants, laissant Pelta aux manettes jusqu'à la prochaine réunion qui doit se tenir cette année.
"Le signal envoyé par le football aujourd'hui n'est pas positif pour nos partenaires commerciaux ou l'UEFA", a ajouté M. Malik.
Pelta, 52 ans, a été arrêté et incarcéré pour une affaire de détournement de fonds publics début mai, après une descente de police au siège de la FACR, au club du FK Jablonec détenu par Pelta et au ministère de l'Education, de la Jeunesse et des Sports.
Deux fonctionnaires dont le vice-ministre de l'Education ont également été arrêtés.
Inculpé également pour abus de pouvoir, Pelta avait retiré sa candidature avant la réunion au siège de la FACR.
Le scandale a conduit la compagnie d'assurance en ligne 'ePojisteni.czn', sponsor principal du Championnat de première division, à retirer son soutien tandis que d'autres partenaires ont affirmé étudier la possibilité de faire de même.
La ministre de l'Education Katerina Valachova a remis sa démission et a également suspendu temporairement toute aide financière au monde du sport.
Près de 372 millions d'euros sont attribués chaque année au sport par le gouvernement tchèque, dont 19,6 millions reviennent au football.