Les Suisses terminent ainsi à la 2e place de cette poule A avec 12 points derrière Manchester United (15 pts), qui a battu le CSKA Moscou (2-1) dans l'autre match de la soirée.
Les Russes (9 pts) sont reversés en Europa League tandis que le Benfica, quadruple champion du Portugal en titre, quitte la scène européenne avec un zéro pointé, la plus mauvaise performance d'une équipe lusitanienne en Ligue des champions.
Bâle, qui avait déjà corrigé les Lisboètes à l'aller (5-0), a vite pris l'avantage sur une tête du Norvégien Mohamed Elyounoussi, libre de marquage au bout d'un centre de Lang (5e).
L'attaquant d'origine marocaine aurait pu doubler la mise sur un bon service d'Oberlin (32e), tandis que le Benfica enchaînait les tirs non cadrés avant de se créer sa première occasion franche par son international suisse Haris Seferovic, qui obligeait le portier Vaclik à s'étirer pour contrer sa lourde frappe du gauche (37e).
Après une nouvelle série d'attaques imprécises du Benfica (4 tirs cadrés sur 23), c'est Bâle qui a fait le break sur une tête plongeante de Dimitri Oberlin, servi au deuxième poteau d'une remise de la tête d'Akanji sur coup franc (65e).
L'espoir suisse de 20 ans, qui avait déjà signé un doublé face à Benfica, a porté son compteur personnel à 4 buts en C1.
Champion de Suisse en titre, Bâle n'avait plus atteint les huitièmes de finale de Ligue des champions depuis 2015, lorsqu'il avait été éliminé à ce stade de la compétition par le FC Porto.