L'Allemand de 31 ans va suivre un programme de rééducation mais sera vraisemblablement indisponible pour la reprise de la nouvelle saison mi-septembre.
"Jérôme Boateng a subi une déchirure de la fibre musculaire de l'arrière de la cuisse droite", a indiqué le club sans préciser la durée de son indisponibilité.
Boateng avait été remplacé contre le PSG dès la 25e minute par le défenseur allemand Niklas Süle. En demi-finale, il avait déjà dû lui céder sa place dès la mi-temps contre Lyon (victoire 3-0).
Après deux saisons délicates pendant lesquelles il a longtemps été cantonné à une place de remplaçant de luxe, le champion du monde 2014 a retrouvé son meilleur niveau cette année au sein de la charnière défensive avec David Alaba, contribuant au nouveau triplé C1-coupe-championnat du Bayern après celui de 2013.
Alors que son départ du club était envisagé l'été dernier, Boateng, à qui il ne reste qu'un an de contrat, pourrait bientôt se voir proposer une prolongation.
Le Bayern reprendra la compétition le 11 septembre au premier tour de la Coupe d'Allemagne contre les amateurs de Düren (5e division), avant l'ouverture de la Bundesliga contre Schalke 04 une semaine plus tard.