Il s'agit d'une mauvaise nouvelle pour l'entraîneur Pep Guardiola, dans la perspective du 8e de finale aller de la Ligue des champions contre la Juventus Turin, dans dix jours.
Badstuber s'est fracturé la cheville lors du dernier entraînement du Bayern avant le déplacement à Augsbourg en clôture de la 21e journée de Bundesliga.
Guardiola, qui avait déjà dû bricoler une défense pour la dernière journée de Championnat (nul 0-0 à Leverkusen), se retrouve un peu plus en difficulté, déjà privé de Jérôme Boateng, Javi Martinez et Mehdi Benatia.
Le Bayern, qui s'est renforcé en défense avec l'Allemand Serdar Tasci au mercato, est sous la menace du Borussia Dortmund, vainqueur samedi de Hanovre et revenu à 5 points des Munichois au classement.
Pour Badstuber, c'est une rechute au plus mauvais moment, lui qui avait été longtemps éloigné des pelouses à la suite d'une longue blessure aux ligaments croisés en 2012.
Il avait ainsi raté le Mondial-2014 triomphal de la Nationalmannschaft et pourrait rater l'Euro-2016.
Il avait rejoué avec le Bayern en novembre 2015, après 200 jours de pause forcée à la suite d'une blessure à la cuisse gauche.