Un doublé de sa gâchette polonaise Robert Lewandowski a scellé la victoire bavaroise dans la ville hanséatique. Même si le Werder, mené 2-0, a réussi l'exploit de revenir au score en deux minutes à un quart d'heure du temps réglementaire (74 et 75).
L'ogre de Bavière a repris les devants dans la foulée grâce à un penalty obtenu par son virevoltant français Kingsley Coman et transformé par Lewandowski (80).
Une décision "ridicule" selon l'attaquant de Brême Max Kruse: "Pourquoi avons-nous la VAR ? Si elle n'examine pas ça, on ferait aussi bien de s'en débarrasser", a-t-il lancé sur la chaîne allemande ARD.
"C'était le match difficile auquel on s'attendait", a réagi plus sobrement le Bavarois Thomas Müller. "Le football est réjouissant quand on joue dans une atmosphère comme celle-ci. Je dois dire que je suis un peu fan de Brême. J'adore les regarder jouer et leurs supporters sont super."
En finale de la DFB-Pokal --son nom en Allemand--, les Bavarois retrouveront, le 25 mai au stade Olympique de Berlin, le RB Leipzig, vainqueur 3-1 de Hambourg mardi.
Munich, qui l'a déjà remportée 18 fois, court après une nouvelle victoire dans l'épreuve depuis 2016.
Finaliste l'an dernier, le Bayern avait été battu 3-1 par Francfort, alors entraîné par... Niko Kovac, passé depuis aux commandes du club bavarois.