Le juge Joris Raskin, désigné en janvier pour instruire cette affaire, dans la province du Limbourg (nord-est), avait continué pendant deux mois à travailler pour la fédération belge de football.
D'après les médias, il siégeait au sein de la commission de la fédération chargée de l'octroi des licences aux clubs, ce que l'avocat de l'un des inculpés avait dénoncé en octobre, considérant qu'il était "juge et partie" dans le dossier.
Lundi, la cour d'appel d'Anvers (nord) a jugé "recevable et fondée" la requête de cet avocat, Me Hans Rieder, qui défend l'arbitre Bart Vertenten, actuellement en détention provisoire.
La cour a estimé que ce travail concomittant du juge d'instruction pour l'Union belge de football pouvait donner le sentiment d'"une apparente partialité", contrairement à ce que l'intéressé soutenait lui-même.
Le parquet fédéral, compétent en matière de crime organisé et qui pilote ce dossier, avait déjà désigné par précaution un autre juge d'instruction fin octobre.
Il a par ailleurs la possibilité de se pourvoir en cassation contre la récusation de Joris Raskin. "On va d'abord lire le jugement, on verra ensuite ce qu'on décide", a dit à l'AFP Eric Van Der Sypt, porte-parole du parquet fédéral.
L'affaire du "footballgate" avait éclaté le 10 octobre, quand une vaste opération de police dans tout le pays avait abouti à une trentaine de placements en garde à vue.
Le dossier porte sur des soupçons de fraude liée au versement des salaires et des commissions d'agents de joueurs, mais aussi sur deux matches présumés truqués au bénéfice du FC Malines (actuellement en deuxième division belge) en mars 2018.
Au total, plus de 20 personnes, parmi lesquelles des dirigeants de clubs, joueurs, deux arbitres, les entraîneurs du FC Bruges et de Lokeren, ont été inculpées. Plusieurs d'entre elles sont encore incarcérées, dont les agents de joueurs Mogi Bayat, Dejan Veljkovic et Karim Mejjati.
L'avocat de ce dernier, Me Sven Mary, a estimé que la récusation du juge Raskin ouvrait la porte à des contestations des actes qu'il a posées depuis le début de l'enquête.
"Quels actes de procédure ont pu être influencés par cette double casquette ? C'est ce qu'il faut étudier maintenant à tête reposée", a fait valoir Me Mary à l'AFP.