Naldo, 33 ans, s'est blessé lors de la défaite (2-0) à domicile contre le Bayern Munich et devra être opéré, a précisé le vice-champion d'Allemagne 2015.
"J'ai immédiatement ressenti une douleur à l'épaule droite et je ne pouvais plus jouer", a indiqué Naldo, remplacé à la 76e minute après une chute dans un duel.
"C'est frustrant de ne pas pouvoir aider l'équipe dans une phase importante de la saison", a ajouté la tour de contrôle de la défense (1,93 m), qui avait largement contribué à la victoire (3-2) au match aller en Belgique.
"C'est une perte énorme pour nous, quelque chose dont nous n'avions pas besoin en ce moment", a regretté Klaus Allofs, directeur sportif d'une équipe confrontée à une semaine décisive pour son avenir européen.
Après le transfert du germano-suisse Timm Klose le mois dernier à Norwich City, le Brésilien Dante et Robin Knoche restent les deux dernières solutions pour constituer une charnière.
Wolfsburg reçoit mardi Hanovre puis se déplace quatre jours plus tard à Mönchengladbach pour redorer son blason en Bundesliga, avant d'accueillir La Gantoise pour décrocher une place en quart de finale de la C1.