"La Fédération serbe de football (FSS) et Krstajic se sont mis d'accord pour résilier (son) contrat", indique un communiqué de la FSS.
Cette décision fait suite à une défaite 5-0 en Ukraine lors d'un match de qualification pour l'Euro 2020 la semaine passée.
Lundi, lors d'une autre rencontre dans le Groupe B, son équipe a battu la Lituanie à domicile 4-1.
Après avoir disputé trois matches, les Serbes (4 pts) sont actuellement 3e, derrière l'Ukraine (10 pts), qui compte un match en plus, et à égalité de points avec le Luxembourg (4 pts).
Le Portugal qui n'a joué que deux rencontres pour deux nuls, dont un devant la Serbie, pointe au 4e rang devant la Lituanie.
Nommé en novembre 2017 à la place de Savoljub Muslin, Krstajic n'était pas parvenu à faire sortir les Serbes de leur groupe durant la Coupe du monde en Russie.
Le nom de son successeur devrait être connu le 10 juillet, selon des médias locaux.