La plainte a été transmise "à la commission de contrôle et de discipline de l'UEFA. Une enquête sera ouverte", indique mercredi le club bavarois sur son site internet.
Selon le Bayern, trois supporters ont été hospitalisés, mais "ont heureusement pu sortir de l'hôpital après avoir été soignés".
La police grecque avait fait état mardi de sept blessés, six supporters allemands et un agent de sécurité.
La Youth League oppose les équipes U19 des clubs engagés en Ligue des champions. Les jeunes pousses du Bayern menaient 4-0 contre l'Olympiakos à la 81e minute lorsque environ 80 hooligans, cagoulés, casqués pour certains et armés de bâtons ont fait irruption dans le stade pour s'attaquer à la tribune des supporters allemands.
"Ces incidents nous ont choqué, ont déclaré les entraîneurs du Bayern Martin Demichelis et Danny Schwarz, nos remerciements vont aux joueurs, à l'entraîneur et aux responsables de l'Olympiakos, qui se sont occupés de nous après ces événements".
Selon l'agence sportive allemande SID, l'UEFA avait indiqué mardi soir que si une sanction devait être prononcée, elle toucherait l'équipe des U19, et non l'équipe première de l'Olympiakos.
Le club grec avait immédiatement condamné cette attaque. Le match avait repris après une interruption de 25 minutes, mais les deux équipes n'ont fait que des passes et n'ont plus cherché à marquer.