Leipzig a désormais l'occasion de revenir à deux points dimanche, s'il s'impose à Berlin sur la pelouse du Hertha, actuellement en pleine déconfiture (cinq défaites et deux nuls lors de ses sept derniers matches).
Francfort s'accroche pour sa part au quatuor de tête de la Bundesliga qualificatif pour la Ligue des champions, à égalité de points avec le 3e Wolfsburg.
Décimé par le Covid-19 (Coman, Müller) et les blessures (Gnabry, Tolisso), le Bayern avait été déjà concédé un nul 3-3 la semaine dernière face au barragiste Bielefeld, un mois après avoir été éliminé aux tirs au but en coupe d'Allemagne par une équipe de D2.
"Nous avons eu quelques jours agités, nous ne sommes que des êtres humains", a plaidé Hansi Flick, visiblement affecté par la défaite, "au niveau des absents, c'est un peu tendu en ce moment. Mais la saison est longue, et quand tout le monde sera revenu, ça ira dans la bonne direction".
Pour rencontrer Francfort, la meilleure équipe de Bundesliga depuis deux mois (neuf victoires, deux nuls sur ses 11 derniers matches), le coach champion d'Europe et du monde avait dû poser quelques rustines sur son onze type.
Niklas Süle, arrière central de métier, jouait latéral droit à la place de Pavard. En milieu de terrain, Marc Roca était titularisé pour la première fois cette saison en championnat. Et devant, l'ancien Parisien Choupo-Moting occupait tant bien que mal la place de Thomas Müller, derrière Robert Lewandowski.
Mais Francfort n'a pas non plus été épargné : à moins d'une heure du coup d'envoi, l'entraîneur Adi Hütter a annoncé le forfait de son buteur André Silva (18 buts), victime de douleurs dorsales.
L'absence de leur fer de lance n'a pas paralysé les Francfortois. Ils sont bien entrés dans le match et ont complètement étouffé les champions d'Allemagne pendant une bonne quinzaine de minutes.
La récompense est venue très vite. Daichi Kamada a ouvert le score dès la 12e minute, en reprenant du point de pénalty un centre à ras de terre du Serbe Filip Kostic (1-0).
Amin Younes a doublé la mise peu d'un somptueux tir dans la lucarne opposée, hors de la portée de Manuel Neuer (2-0, 31e).
Younes, joueur Allemand aux racines libanaises, à dédié son but aux victimes de l'attentat raciste de Hanau, dont l'Allemagne a commémoré le premier anniversaire vendredi. Neuf personnes d'origine étrangère avaient été abattues par un terroriste lié à la mouvance complotiste dans cette ville de la région de Francfort.
Younes a brandi un t-shirt portant le nom et le visage de l'une des victimes.
Au retour des vestiaires, les hommes de Hansi Flick ont pris le contrôle du match, et Robert Lewandowski a marqué son 26e but de la saison, en transperçant les filets suite à un servie 'caviar' de Leroy Sané (2-1, 53e).
Les deux équipes se sont encore créé de belles occasions, mais le score en est resté là.
Dans les autres matchs de l'après-midi, l'Union Berlin s'est placé juste en dessous des places européennes, en 7e position grâce à une courte victoire 1-0 à Fribourg.
Le Borussia Mönchengladbach glisse en revanche en 8e position après une surprenante défaite à domicile 2-1 contre Mayence. De mauvais augure à quatre jours du match aller de Ligue des champions contre Manchester City, délocalisé à Budapest (Hongrie) pour cause de restrictions sanitaires.