L'international suisse souffre d'une douleur à la capsule articulaire du genou gauche, précise le BVB, qui assure cependant que sa titularisation mercredi "n'est pas exclue".
Dortmund occupe la tête du groupe F de Ligue des champions, avec quatre points comme Barcelone mais une meilleure différence de buts.
Bürki s'est blessé samedi lors du match de Bundesliga contre Mönchengladbach (1-0).
"Dans un duel avec Breel Embolo en première période, nous nous sommes heurtés genou contre genou", a-t-il expliqué, "ensuite j'ai vraiment ressenti une douleur mais j'ai essayé de rester sur le terrain".
"Mais sur une sortie en deuxième période, j'ai senti un instabilité totale, j'ai su que je devais sortir". Il a été remplacé à la 71e minute.