Kondogbia s'est blessé mercredi lors de la victoire de Valence face à Manchester United (2-1) en Ligue des champions.
"La durée de sa convalescence est estimée à 8 semaines approximativement", a indiqué le FC Valence dans un communiqué.
Kondogbia rejoint à l'infirmerie son coéquipier portugais Gonçalo Guedes, opéré d'une pubalgie vendredi et qui sera lui aussi absent pendant au moins deux mois.