Il a été "nommé à l'unanimité" et son contrat court jusque fin 2020, a expliqué la Fédération sur son site.
Hadzibegic succède au Serbe Ljubisa Tumbakovic, qui avait été limogé pour avoir boycotté un match de qualifications pour l'Euro-2020 contre le Kosovo. Son pays, la Serbie, ne reconnaît pas l'indépendance du Kosovo.
Ancien international yougoslave, Hadzibegic, 61 ans, entraînait jusqu'en mars le Red Star, club de Ligue 2 française situé en banlieue parisienne.
Durant sa carrière, l'ex-défenseur du Bétis Séville et de Sochaux a notamment entraîné des équipes en France, en Espagne et en Turquie. Il a brièvement été le sélectionneur de la Bosnie en 1999.
Ses premiers match avec le Monténégro seront contre la Hongrie en amical, puis contre la République tchèque en qualifications de l'Euro-2020.
Le Monténégro est actuellement 4e et avant-dernier du groupe A, celui de l'Angleterre, avec deux défaites et deux matches nuls.