Le coach portugais était accusé d'avoir proféré des insultes face caméra après que son équipe s'était imposée sur le fil contre Newcastle (3-2) le 6 octobre.
Une vidéo a montré Mourinho en train de s'exprimer, apparemment en portugais, tout en regardant une caméra, alors qu'il se dirigeait vers le tunnel après le coup de sifflet final.
"L'accusation contre José Mourinho pour avoir prétendument utilisé un langage abusif et/ou insultant et/ou inapproprié n'a pas été prouvée à la suite d'une audience de la Commission indépendante de réglementation aujourd'hui" (mercredi), a expliqué la FA dans un communiqué.
Mourinho, 55 ans, avait estimé être victime d'une "chasse à l'homme" de la part des médias.