Le défenseur de 36 ans a été déclaré "inapte" après un examen plus approfondi du coup reçu après une mauvaise chute à la 59ème minute de jeu, alors que les Portugais menaient 1-0, avant finalement de l'emporter 3-1.
Pour palier l'absence de Pepe, Fernando Santos peut compter sur José Fonte et Rubén Dias en défense centrale pour la finale de dimanche prochain, de nouveau au stade Do Dragao de Porto.
Les Portugais affronteront le vainqueur du match entre les Pays-Bas et l'Angleterre ce jeudi.